Turun yliopisto edelläkävijä elävien solujen kuvantamisessa
Poikkitieteellisen yhteistyön tuloksena syntynyt BioImageXD-ohjelmisto hyödyntää avointa koodia ja on lisäksi ilmainen.
Turun yliopisto on ollut mukana kehittämässä uudentyyppistä tietokoneohjelmistoa elävien solujen moniulotteiseen kuvantamiseen. Ensimmäinen versio BioImage XD:stä julkaistiin 9. helmikuuta yleiseen levitykseen. Tietokoneohjelmistoa on ollut kehittämässä poikkitieteellinen tutkijaryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista. Projektin johtajana on toiminut professori Jyrki Heino Turun yliopistosta.
BioImage-tietokoneohjelmisto on tarkoitettu moniulotteisen kuvan analysoimiseen ja kuvantamiseen. Ohjelmiston pääasiallisena tehtävänä on selvittää, mitä eri geenit tekevät.
- BioImage on kattava ohjelmistopaketti kaikkien kehittynyttä kuvantamista tekevien tutkijoiden tarpeisiin bio-, lääke- ja nanotieteissä, sanoo BioImage-työryhmän pääsuunnittelija Pasi Kankaanpää Turun yliopistosta.
Ohjelmiston avulla pystytään havainnoimaan moniulotteisesti esimerkiksi geenejä ja molekyylejä elävissä soluissa. Moderni kolmi- ja neliulotteinen kuvantaminen onkin noussut kenties tärkeimmäksi tutkimusmenetelmäksi biolääketieteessä.
BioImageXD on jo nyt herättänyt laajaa kiinnostusta. Ohjelmiston kehittäjät ovat saaneet yli sata yhteydenottoa ympäri maailmaa. Etenkin alan tutkijat ja yritykset ovat olleet kiinnostuneita.
Uuden innovaation vahvuudet
BioImageXD:n vahvuutena on ensinnäkin sen avoimuus ja maksuttomuus: kuka tahansa voi ladata ohjelmiston ilmaiseksi itselleen ja se toimii kaikissa yleisimmissä käyttöjärjestelmissä. Muut markkinoilla olevat saman alan kaupalliset sovellukset ovat usein kalliita. Avoimuus tarkoittaa myös sitä, että kuka tahansa voi parannella ohjelmistoa. Parantelu tapahtuu kuitenkin aina valvotusti ja vuorovaikutuksessa ohjelmiston kehittäjien kanssa.
Ohjelmiston toisena vahvuutena ovat sen matalat kehittelykustannukset ja nopeat tulokset. Ohjelmiston kehittäjät toivovat, että tämä uusi innovaatio aloittaa niin sanotun lumipalloefektin, jolloin ohjelmistoon liitettäisiin pikku hiljaa uusia osioita samalla itse kokonaisuutta kehittäen. Ohjelmisto on myös dynaaminen ja pystyy reagoimaan nopeasti muuttuvaan ympäristöön.
Kolmiulotteinen elävien solujen visualisointi animaation avulla on myös uutta. Ennen saatiin lähinnä vain kaksiulotteista kuvaa kuolleista soluista. Myös tilastollisten analyysien monipuolisuus on BioImageXD-ohjelmistossa ainutkertaista.
Biolääketieteen kehitys nopeaa
Poikkitieteellinen BioImageXD-työryhmä Turun ja Jyväskylän yliopistoista aloitti yhteistyön ohjelmiston parissa jo kolmisen vuotta sitten. Prosessi on edennyt kuitenkin vauhdilla vasta puolitoista vuotta. Kaiken kaikkiaan viisihenkinen tutkijaryhmä on työskennellyt pienellä budjetilla. Prosessi on edennyt lähinnä tutkijaryhmän jäsenten omien tutkimusten lomassa ja alan opiskelijoiden harjoitus- ja opinnäytetöiden kautta. Kaikki rahoitus on ollut akateemista.
Biolääketieteen kehitys on nyt nopeaa ja ala kansainvälistyy huimaa tahtia. Poikkitieteellisyys ja kansainväliset konferenssit kuuluvat ajan henkeen. BioImageXD-työryhmä on itsekin osallistumassa ensi kesäkuussa Portugalissa pidettävään Euroopan johtavien kuvantajien yhteistyökonferenssiin. BioImage-työryhmän pääsuunnittelija Pasi Kankaanpää ennustaa, että tulevaisuudessa alalla tullaan keskittymään enemmän tilastollisiin analyyseihin, joihin on keskitytty jo BioImageXD:n kehittelyssäkin.
Ohjelman voi ladata osoitteesta http://www.bioimagexd.org
Ylhäällä kuva elävästä solusta, keskellä yleiskuva BioImageXD:n käyttöliittymästä, alhaalla näkymä solun sisältä
Heidi Hukkanen