Johanna Hynninen

A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids (2023)

Developmental Cell

Senkowski Wojciech., Gall-Mas Laura, Falco Matias Marin, Li Yilin, Lavikka Kari, Kriegbaum Mette C., Oikkonen Jaana, Bulanova Daria, Pietras Elin J., Voßgröne Karolin, Chen Yan Jun., Erkan Erdogan Pekcan, Dai Jun, Lundgren Anastasia, Grønning Høg Mia Kristine, Larsen Ida Marie, Lamminen Tarja, Kaipio Katja, Huvila Jutta, Virtanen Anni, Engelholm Lars, Christiansen Pernille, Santoni-Rugiu Eric, Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hynninen Johanna, Hautaniemi Sampsa, Vähärautio Anna, Wennerberg Krister

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Toxicity and therapy outcome associations in LIG3, SLCO1B3, ABCB1, OPRM1 and GSTP1 in high-grade serous ovarian cancer (2023)

Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology

Deng Feng, Laasik Maren, Salminen Liina, Lapatto Lauri, Huhtinen Kaisa, Li Yilin, Hautaniemi Sampsa, Hynninen Johanna, Niemi Mikko, Lehtonen Rainer

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Multi-omics characterization of chemo-refractory high-grade serous cancer (2023)

International Journal of Gynecological Cancer

Muranen, Taru A.; Afenteva, Daria; Rajavuori, Anna; Jamalzadeh, Sanaz; Zhang, Kaiyang; Ariotta, Valeria; Isoviita, Veli-Matti; Lahtinen, Alexandra; Lavikka, Kari; Lehtonen, Oskari; Li, Yilin; Marchi, Giovanni; Oikkonen, Jaana; Salloum, Shams; Huhtinen, Kaisa; Hietanen, Sakari; Virtanen, Anni; Hynninen, Johanna; Hautaniemi, Sampsa

(O2 Muu julkaisu )

H&E image analysis pipeline for quantifying morphological features (2023)

Journal of Pathology Informatics

Ariotta Valeria, Lehtonen Oskari, Salloum Shams, Micoli Giulia, Lavikka Kari, Rantanen Ville, Hynninen Johanna, Virtanen Anni, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes (2023)

Clinical Cancer Research

Pikkusaari Sanna, Tumiati Manuela, Virtanen Anni, Oikkonen Jaana, Li Yilin, Perez-Villatoro Fernando, Muranen Taru, Salko Matilda, Huhtinen Kaisa, Kanerva Anna, Koskela Heidi, Tapper Johanna, Koivisto-Korander Riitta, Joutsiniemi Titta, Haltia Ulla-Maija, Lassus Heini, Hautaniemi Sampsa, Färkkilä Anniina, Hynninen Johanna, Hietanen Sakari, Carpen Olli, Kauppi Liisa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)

Cancer Cell

Lahtinen Alexandra, Lavikka Kari, Virtanen Anni, Li Yilin, Jamalzadeh Sanaz, Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rössberg, Zhang Kaiynag, Marchi Giovanni, Isoviita Veli-Matti, Ariotta Valeria, Lehtonen Oskari, Muranen Taru A., Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hietanen Sakari, Senkowski Wojciech, Kallunki Tuula, Häkkinen Aantti, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Evolutionary study identifies poor prognosis HGSC patients and reveals clinically relevant targets at diagnosis and relapse (2023)

International Journal of Gynecological Cancer

Oikkonen, Jaana; Lahtinen, Alexandra; Lavikka, Kari; Virtanen, Anni; Li, Yilin; Jamalzadeh, Sanaz; Skorda, Aikaterini; Lauridsen, Anna Rossberg; Zhang, Kaiyang; Marchi, Giovanni; Nguyen, Mai T. N.; Rajavuori, Anna; Muranen, Taru A.; Huhtinen, Kaisa; Hietanen, Sakari; Senkowski, Wojciech; Kallunki, Tuula; Hakkinen, Antti; Hynninen, Johanna; Hautaniemi, Sampsa

(O2 Muu julkaisu )

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

STAR protocols

Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rossberg, Huhtinen Kaisa, Lahtinen Alexandra, Senkowski Wojciech, Oikkonen Jaana, Hynninen Johanna, Hautaniemi Sampsa, Kallunki Tuula

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status (2022)

Frontiers in Oncology

Roering Pia, Siddiqui Arafat, Heuser Vanina D, Potdar Swapnil, Mikkonen Pia, Oikkonen Jaana, Li Yilin, Pikkusaari Sanna, Wennerberg Krister, Hynninen Johanna, Grenman Seija, Huhtinen Kaisa, Auranen Annika, Carpén Olli, Kaipio Katja

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability (2022)

Laboratory Investigation

Jamalzadeh Sanaz, Häkkinen Antti, Andersson Noora, Huhtinen Kaisa, Laury Anna, Hietanen Sakari, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Carpén Olli, Virtanen Anni, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Contact

Links

Areas of expertise

Publications

Sort by:

A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids (2023)

Toxicity and therapy outcome associations in LIG3, SLCO1B3, ABCB1, OPRM1 and GSTP1 in high-grade serous ovarian cancer (2023)

Multi-omics characterization of chemo-refractory high-grade serous cancer (2023)

H&E image analysis pipeline for quantifying morphological features (2023)

Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes (2023)

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)

Evolutionary study identifies poor prognosis HGSC patients and reveals clinically relevant targets at diagnosis and relapse (2023)

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status (2022)

QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability (2022)