Tomi Suomi

Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis (2020)

Journal of Proteome Research

Juhani Aakko, Sami Pietilä, Tomi Suomi, Mehrad Mahmoudian, Raine Toivonen, Petri Kouvonen, Anne Rokka, Arno Hänninen, Laura L. Elo

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

A Data Analysis Protocol for Quantitative Data-Independent Acquisition Proteomics. (2019)

Methods in Molecular Biology

Pietilä S, Suomi T, Aakko J, Elo LL.

(Vertaisarvioitu artikkeli kokoomateoksessa (A3))

A comprehensive evaluation of popular proteomics software workflows for label-free proteome quantification and imputation (2018)

Briefings in Bioinformatics

Välikangas T, Suomi T, Elo LL

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

A crowdsourced analysis to identify ab initio molecular signatures predictive of susceptibility to viral infection (2018)

Nature Communications

Slim Fourati, Aarthi Talla, Mehrad Mahmoudian, Joshua G. Burkhart, Riku Klén, Ricardo Henao, Thomas Yu, Zafer Aydın, Ka Yee Yeung, Mehmet Eren Ahsen, Reem Almugbel, Samad Jahandideh, Xiao Liang, Torbjörn E.M. Nordling, Motoki Shiga, Ana Stanescu, Robert Vogel, The Respiratory Viral DREAM Challenge Consortium, Gaurav Pandey, Christopher Chiu, Micah T. McClain, Christopher W. Woods, Geoffrey S. Ginsburg, Laura L. Elo, Ephraim L. Tsalik, Lara M. Mangravite, Solveig K. Sieberts

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Phosphonormalizer: an R package for normalization of MS-based label-free phosphoproteomics (2018)

Bioinformatics

Sohrab Saraei, Tomi Suomi, Otto Kauko, Laura L. Elo

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

A systematic evaluation of normalization methods in quantitative label-free proteomics (2018)

Briefings in Bioinformatics

Tommi Välikangas, Tomi Suomi, Laura L. Elo

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

SimPhospho: a software tool enabling confident phosphosite assignment (2018)

Bioinformatics

Veronika Suni, Tomi Suomi, Tomoya Tsubosaka, Susumu Y. Imanishi, Laura L. Elo, Garry L. Corthals

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Enhanced differential expression statistics for data-independent acquisition proteomics (2017)

Scientific Reports

Tomi Suomi, Laura L. Elo

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Accurate detection of differential expression and splicing using low-level features (2017)

Methods in Molecular Biology

Suomi Tomi, Elo Laura L

(Vertaisarvioitu artikkeli kokoomateoksessa (A3))

ROTS: An R package for reproducibility-optimized statistical testing (2017)

PLoS Computational Biology

Tomi Suomi, Fatemeh Seyednasrollah, Maria K. Jaakkola, Thomas Faux,
Laura L. Elo

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Contact

Links

Publications

Sort by:

Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis (2020)

A Data Analysis Protocol for Quantitative Data-Independent Acquisition Proteomics. (2019)

A comprehensive evaluation of popular proteomics software workflows for label-free proteome quantification and imputation (2018)

A crowdsourced analysis to identify ab initio molecular signatures predictive of susceptibility to viral infection (2018)

Phosphonormalizer: an R package for normalization of MS-based label-free phosphoproteomics (2018)

A systematic evaluation of normalization methods in quantitative label-free proteomics (2018)

SimPhospho: a software tool enabling confident phosphosite assignment (2018)

Enhanced differential expression statistics for data-independent acquisition proteomics (2017)

Accurate detection of differential expression and splicing using low-level features (2017)

ROTS: An R package for reproducibility-optimized statistical testing (2017)