Kasvatustieteiden tiedekunta hallinnoi kahta Turun yliopiston tutkijakoulun 16 tohtoriohjelmasta. Kaikki kasvatustieteiden tiedekunnan tohtorikoulutettavat kuuluvat johonkin tohtoriohjelmaan. Tohtorintutkinnon suoritusoikeutta hakeva valitsee tutkimusaihettaan parhaiten vastaavan tohtoriohjelman hakuvaiheessa.