Johanna Hynninen

Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes (2023)

Clinical Cancer Research

Pikkusaari Sanna, Tumiati Manuela, Virtanen Anni, Oikkonen Jaana, Li Yilin, Perez-Villatoro Fernando, Muranen Taru, Salko Matilda, Huhtinen Kaisa, Kanerva Anna, Koskela Heidi, Tapper Johanna, Koivisto-Korander Riitta, Joutsiniemi Titta, Haltia Ulla-Maija, Lassus Heini, Hautaniemi Sampsa, Färkkilä Anniina, Hynninen Johanna, Hietanen Sakari, Carpen Olli, Kauppi Liisa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)

Cancer Cell

Lahtinen Alexandra, Lavikka Kari, Virtanen Anni, Li Yilin, Jamalzadeh Sanaz, Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rössberg, Zhang Kaiynag, Marchi Giovanni, Isoviita Veli-Matti, Ariotta Valeria, Lehtonen Oskari, Muranen Taru A., Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hietanen Sakari, Senkowski Wojciech, Kallunki Tuula, Häkkinen Aantti, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

STAR protocols

Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rossberg, Huhtinen Kaisa, Lahtinen Alexandra, Senkowski Wojciech, Oikkonen Jaana, Hynninen Johanna, Hautaniemi Sampsa, Kallunki Tuula

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Optimized detection of homologous recombination deficiency improves the prediction of clinical outcomes in cancer (2022)

npj Precision Oncology

Perez-Villatoro F, Oikkonen J, Casado J, Chernenko A, Gulhan DC, Tumiati M, Li YL, Lavikka K, Hietanen S, Hynninen J, Haltia UM, Tyrmi JS, Laivuori H, Konstantinopoulos PA, Hautaniemi S, Kauppi L, Farkkila A

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status (2022)

Frontiers in Oncology

Roering Pia, Siddiqui Arafat, Heuser Vanina D, Potdar Swapnil, Mikkonen Pia, Oikkonen Jaana, Li Yilin, Pikkusaari Sanna, Wennerberg Krister, Hynninen Johanna, Grenman Seija, Huhtinen Kaisa, Auranen Annika, Carpén Olli, Kaipio Katja

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability (2022)

Laboratory Investigation

Jamalzadeh Sanaz, Häkkinen Antti, Andersson Noora, Huhtinen Kaisa, Laury Anna, Hietanen Sakari, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Carpén Olli, Virtanen Anni, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

A Subset of Secreted Proteins in Ascites Can Predict Platinum-Free Interval in Ovarian Cancer (2022)

Cancers

Carroll Molly J, Kaipio Katja, Hynninen Johanna, Carpen Olli, Hautaniemi Sampsa, Page David, Kreeger Pamela K

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer (2022)

Science Advances

Zhang Kaiyang, Erkan Erdogan Pekcan, Jamalzadeh Sanaz, Dai Jun, Andersson Noora, Kaipio Katja, Lamminen Tarja, Mansuri Naziha, Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hietanen Sakari, Oikkonen Jaana, Hynninen Johanna, Virtanen Anni, Häkkinen Antti, Hautaniemi Sampsa, Vähärautio Anna

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Aggressive and recurrent ovarian cancers upregulate ephrinA5, a non-canonical effector of EphA2 signaling duality (2021)

Scientific Reports

Jukonen Joonas, Moyano-Galceran Lidia, Höpfner Katrin, Pietilä Elina A, Lehtinen Laura, Huhtinen Kaisa, Gucciardo Erica, Hynninen Johanna, Hietanen Sakari, Grénman Seija, Ojala Päivi M, Carpén Olli, Lehti Kaisa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

FUNGI: Fusion Gene Integration Toolset (2021)

Bioinformatics

Cervera Alejandra, Rausio Heidi, Kähkönen Tiia, Andersson Noora, Partel Gabriele, Rantanen Ville, Paciello Giulia, Ficarra Elisa, Hynninen Johanna, Hietanen Sakari, Carpén Olli, Lehtonen Rainer, Hautaniemi Sampsa, Huhtinen Kaisa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Contact

Links

Areas of expertise

Publications

Sort by:

Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes (2023)

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

Optimized detection of homologous recombination deficiency improves the prediction of clinical outcomes in cancer (2022)

Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status (2022)

QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability (2022)

A Subset of Secreted Proteins in Ascites Can Predict Platinum-Free Interval in Ovarian Cancer (2022)

Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer (2022)

Aggressive and recurrent ovarian cancers upregulate ephrinA5, a non-canonical effector of EphA2 signaling duality (2021)

FUNGI: Fusion Gene Integration Toolset (2021)