Tomi Suomi

Joint modeling of longitudinal and time‐to‐event data for dynamic disease risk prediction using proteomics (2026)

Protein Science

Lindén, Markus; Ammunét, Tea; Välikangas, Tommi; Elo, Laura L.; Suomi, Tomi

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Therapeutic TG2 inhibition reverses systemic multiomic dysregulation in celiac disease (2026)

BMC Medicine

Dotsenko, Valeriia; Le Hana, Hien; Rajić, Sonja; Moulder, Robert; Kettunen, Jalmari; Hirvonen, M. Karoliina; Dickens, Alex M; Hyötyläinen, Tuulia; Tewes, Bernhard; Zimmermann, Timo; Mohrbacher, Ralf; Suomi, Tomi; Lehtimäki, Terho; Lahesmaa, Riitta; Orešič, Matej; Elo, Laura L.; Raitoharju, Emma; Schuppan, Detlef; Mäki, Markku; Viiri, Keijo; on behalf of the CEC-3 Investigators

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Complete Data Analysis Workflow for Quantitative DIA Mass Spectrometry Using Nextflow (2026)

Journal of Proteome Research

Perk, Mats; Pietilä, Sami; Välikangas, Tommi; Balint, Balazs; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research (2026)

Bioinformatics

Lindén, Markus; Zúñiga Norman, Sebastián I.; Välikangas, Tommi; Junttila, Sini; Suomi, Tomi; Rytkönen, Kalle T; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Adaptive sequence alignment for metagenomic data analysis (2025)

Computers in Biology and Medicine

Pietilä, Sami; Suomi, Tomi; Paulin, Niklas; Laiho, Asta; Sclivagnotis, Yannes S.; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Single-cell RNA-seq analysis of longitudinal CD4+ T cell samples reveals cell-type-specific changes during early stages of type 1 diabetes (2025)

Genome Medicine

Biradar, Rahul; Kalim, Ubaid Ullah; Lönnberg, Tapio; Junttila, Sini; Suomi, Tomi; Norman, Sebastián Zúñiga; Starskaia, Inna; Paulin, Niklas; Mikkola, Lea; Vaarala, Outi; Rasool, Omid; Knip, Mikael; Elo, Laura L.; Lahesmaa, Riitta

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)

Scientific Reports

Jaakkola, Maria K.; Kukkonen-Macchi, Anu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Metaproteomics Beyond Databases: Addressing the Challenges and Potentials of De Novo Sequencing (2025)

Proteomics

van den Bossche, Tim; Beslic, Denis; van Puyenbroeck, Sam; Suomi, Tomi; Holstein, Tanja; Martens, Lennart; Elo, Laura L.; Muth, Thilo

(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)

Proteomic profiling reveals alterations in metabolic and cellular pathways in severe obesity and following metabolic bariatric surgery (2025)

American Journal of Physiology : Endocrinology and Metabolism

Dadson, Prince; Honka, Miikka-Juhani; Suomi, Tomi; Haridas, P. A. Nidhina; Rokka, Anne; Palani, Senthil; Goltseva, Elena; Wang, Ning; Roivainen, Anne; Salminen, Paulina; James, Peter; Olkkonen, Vesa M.; Elo, Laura L.; Nuutila, Pirjo

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Characterization of Visceral Adipose Tissue Proteome Reveals Metabolic Changes and Inflammatory Signatures in Severe Obesity (2025)

Obesity

Dadson, Prince; Honka, Miikka‐Juhani; Suomi, Tomi; Rokka, Anne; Kauhanen, Saila; Salminen, Paulina; Helmiö, Mika; James, Peter; Elo, Laura L.; Olkkonen, Vesa M.; Nuutila Pirjo

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Tomi

Suomi

Contact

Links

Publications

Sort by:

Joint modeling of longitudinal and time‐to‐event data for dynamic disease risk prediction using proteomics (2026)

Therapeutic TG2 inhibition reverses systemic multiomic dysregulation in celiac disease (2026)

Complete Data Analysis Workflow for Quantitative DIA Mass Spectrometry Using Nextflow (2026)

REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research (2026)

Adaptive sequence alignment for metagenomic data analysis (2025)

Single-cell RNA-seq analysis of longitudinal CD4+ T cell samples reveals cell-type-specific changes during early stages of type 1 diabetes (2025)

Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)

Metaproteomics Beyond Databases: Addressing the Challenges and Potentials of De Novo Sequencing (2025)

Proteomic profiling reveals alterations in metabolic and cellular pathways in severe obesity and following metabolic bariatric surgery (2025)

Characterization of Visceral Adipose Tissue Proteome Reveals Metabolic Changes and Inflammatory Signatures in Severe Obesity (2025)