Tomi Suomi

Complete Data Analysis Workflow for Quantitative DIA Mass Spectrometry Using Nextflow (2026)

Journal of Proteome Research

Perk, Mats; Pietilä, Sami; Välikangas, Tommi; Balint, Balazs; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)

Scientific Reports

Jaakkola, Maria K.; Kukkonen-Macchi, Anu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Metaproteomics Beyond Databases: Addressing the Challenges and Potentials of De Novo Sequencing (2025)

Proteomics

van den Bossche, Tim; Beslic, Denis; van Puyenbroeck, Sam; Suomi, Tomi; Holstein, Tanja; Martens, Lennart; Elo, Laura L.; Muth, Thilo

(A2 Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä lehdessä)

Proteomic profiling reveals alterations in metabolic and cellular pathways in severe obesity and following metabolic bariatric surgery (2025)

American Journal of Physiology : Endocrinology and Metabolism

Dadson, Prince; Honka, Miikka-Juhani; Suomi, Tomi; Haridas, P. A. Nidhina; Rokka, Anne; Palani, Senthil; Goltseva, Elena; Wang, Ning; Roivainen, Anne; Salminen, Paulina; James, Peter; Olkkonen, Vesa M.; Elo, Laura L.; Nuutila, Pirjo

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Characterization of Visceral Adipose Tissue Proteome Reveals Metabolic Changes and Inflammatory Signatures in Severe Obesity (2025)

Obesity

Dadson, Prince; Honka, Miikka‐Juhani; Suomi, Tomi; Rokka, Anne; Kauhanen, Saila; Salminen, Paulina; Helmiö, Mika; James, Peter; Elo, Laura L.; Olkkonen, Vesa M.; Nuutila Pirjo

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

CellRomeR: an R package for clustering cell migration phenotypes from microscopy data (2025)

Bioinformatics Advances

Kleino, Iivari; Perk, Mats; Sousa, António G G; Linden, Markus; Mathlin, Julia; Giesel, Daniel; Frolovaite, Paulina; Pietilä, Sami; Junttila, Sini; Suomi, Tomi; Elo, Laura L

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes affirms markers of disease (2025)

Diabetologia

Moulder, Robert; Hirvonen, M. Karoliina; Valikangas, Tommi; Suomi, Tomi; Overbergh, Lut; Peakman, Mark; Brunak, Soren; Mathieu, Chantal; Knip, Mikael; Elo, Laura L.; Lahesmaa, Riitta

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Adaptive sequence alignment for metagenomic data analysis (2025)

Computers in Biology and Medicine

Pietilä, Sami; Suomi, Tomi; Paulin, Niklas; Laiho, Asta; Sclivagnotis, Yannes S.; Elo, Laura L.

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Single-cell RNA-seq analysis of longitudinal CD4+ T cell samples reveals cell-type-specific changes during early stages of type 1 diabetes (2025)

Genome Medicine

Biradar, Rahul; Kalim, Ubaid Ullah; Lönnberg, Tapio; Junttila, Sini; Suomi, Tomi; Norman, Sebastián Zúñiga; Starskaia, Inna; Paulin, Niklas; Mikkola, Lea; Vaarala, Outi; Rasool, Omid; Knip, Mikael; Elo, Laura L.; Lahesmaa, Riitta

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Disruption of HSD17B12 in mouse hepatocytes leads to reduced body weight and defect in the lipid droplet expansion associated with microvesicular steatosis (2024)

FASEB Journal

Heikelä, Hanna; Mairinoja, Laura; Ruohonen, Suvi T.; Rytkönen, Kalle T.; de Brot, Simone; Laiho, Asta; Koskinen, Satu; Suomi, Tomi; Elo, Laura L.; Strauss, Leena; Poutanen, Matti

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Tomi

Suomi

Contact

Links

Publications

Sort by:

Complete Data Analysis Workflow for Quantitative DIA Mass Spectrometry Using Nextflow (2026)

Longitudinal pathway analysis using structural information with case studies in early type 1 diabetes (2025)

Metaproteomics Beyond Databases: Addressing the Challenges and Potentials of De Novo Sequencing (2025)

Proteomic profiling reveals alterations in metabolic and cellular pathways in severe obesity and following metabolic bariatric surgery (2025)

Characterization of Visceral Adipose Tissue Proteome Reveals Metabolic Changes and Inflammatory Signatures in Severe Obesity (2025)

CellRomeR: an R package for clustering cell migration phenotypes from microscopy data (2025)

Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes affirms markers of disease (2025)

Adaptive sequence alignment for metagenomic data analysis (2025)

Single-cell RNA-seq analysis of longitudinal CD4+ T cell samples reveals cell-type-specific changes during early stages of type 1 diabetes (2025)

Disruption of HSD17B12 in mouse hepatocytes leads to reduced body weight and defect in the lipid droplet expansion associated with microvesicular steatosis (2024)