Jussi Jaakkolan väitöskirjan jälkeinen tutkimus kohdistuu systeemisiin vaikutusyhteyksiin vero-oikeuden, ylikansallisen talousintegraation ja demokraattisten järjestelmien välillä, ennen kaikkea Euroopan unionin viitekehyksessä. Keskeisessä asemassa hänen tutkimuksessaan ovat valtioiden välistä sääntelykilpailua ja kansainvälistä kilpailukykyä koskevien poliittisten ideoiden kehitys sekä näiden vaikutus oikeuden poliittis-yhteiskunnallisen roolin muutokseen. Jaakkola on kiinnostunut poliittisten, oikeudellisten ja taloudellisten ideoiden pitkän aikavälin muutoksesta kulloisissakin historiallisissa konteksteissaan. Kysymykset veropoliittisten valintojen oikeuttamisesta ovat hänen tutkimuksensa keskiössä.