Matti
Ruuskanen
Ota yhteyttä
Linkit
Asiantuntijuusalueet
Biografia
Suoritin kandidaatin ja maisterinopintoni mikrobiologiassa Helsingin yliopistossa 2008-2014, jossa tutkin muun muassa antibioottiresistenssigeenien leviämistä lannan levityksen aikana. Väitöskirjatutkimukseni tein Ottawan yliopistossa (Kanada) vuosina 2015-2019, jossa perehdyin arktisten järvisedimenttien mikrobiyhteisöihin ja niiden toimintaan. Vuosina 2019-2025 toimin Turun yliopistossa tutkijatohtorina Teemu Niirasen ja Leo Lahden ryhmissä. Projekteissani keskityin kroonisten sairauksien ja suolistomikrobiston yhteyksiin, sekä mikrobiomien datatieteen menetelmäkehitykseen. Olen saanut rahoitusta tutkimukseeni mm. Suomen Tiedeakatemialta, Suomen Akatemialta, Kulttuurirahastolta, sekä Sakari Alhopuron säätiöltä. Vuonna 2023 sain mikrobiologian dosentin arvonimen Helsingin yliopistosta. Olen työskennellyt yliopistonlehtorina bioteknologioiden laitoksella toukokuusta 2025 lähtien.
Opetus
Opintojeni aikana toimin opetusavustajana ja ohjasin useita laboratorio- ja luentokursseja Helsingin yliopistossa sekä Ottawan yliopistossa (Kanada). Vuodesta 2019 lähtien olen pitänyt luentoja muun muassa Helsingin yliopistossa, Karolinska Institutetissa (Ruotsi), Universitas Gadjah Madassa (Indonesia) ja Tiranan yliopistossa (Albania). Lisäksi olen järjestänyt ja opettanut useissa kansainvälisissä työpajoissa Suomessa ja muualla Euroopassa, kuten Nordic Summer School on Computational Microbiome Research -kesäkoulussa (https://sites.utu.fi/microbiomesummerschool/).
Turun yliopistossa toimin pääluennoitsijana koneoppimisen ja algoritmiikan kurssilla (TKO_3121) vuosina 2021–2024. Tällä hetkellä vastaan kursseista Solu ja biomolekyylit – teoria (BKEM5030) ja Mikrobiologia (BKEM5013) sekä osallistun opetukseen kursseilla Elintarvikelainsäädäntö ja elintarvikevalvonta (ETEK0003), Food Chemistry II (FOOD3848) ja Systeemibiologia (BKEM5164).
Olen ohjannut 4 kandidaatintyötä, 6 gradutyötä, ja ohjaan kolmea väitöskirjatutkijaa.
Minulla on dosenttisopimus Helsingin yliopistossa, ja olen suorittanut opettajan pedagogiset opinnot (60op) yliopistopedagogiikassa.
Tutkimus
Tällä hetkellä tutkimukseni käsittelee mikrobiomidatatieteen soveltamista ja siihen liittyvää menetelmäkehitykstä. Monet meneillään olevista projekteistani käsittelevät metagenomiikasta saatavaa funktionaalista dataa ja hyödyntävät aikasarjapohjaista multiomiikkaa. Olen erityisen kiinnostunut kuinka suolistomikrobit metaboloivat erilaisia ravintoaineita yhteisötasolla, ja miten tämä yhdistyy ihmisen terveyteen ja kroonisiin sairauksiin.