Matti Ruuskanen profiilikuva

Matti
Ruuskanen

yliopistonlehtori, bioteknologian laitos
PhD, Docent
Mikrobiomit ja terveys, mikrobiomien datatiede

Ota yhteyttä

Linkit

ORCID

Asiantuntijuusalueet

Mikrobiomit
bioinformatiikka
mikrobiologia
datatiede

Biografia

Suoritin kandidaatin ja maisterinopintoni mikrobiologiassa Helsingin yliopistossa 2008-2014. Väitöskirjatutkimukseni tein Ottawan yliopistossa (Kanada) vuosina 2015-2019, jossa perehdyin arktisten järvisedimenttien mikrobiyhteisöihin ja niiden toimintaan. Vuosina 2019-2025 toimin Turun yliopistossa tutkijatohtorina Teemu Niirasen ja Leo Lahden ryhmissä. Projekteissani keskityin kroonisten sairauksien ja suolistomikrobiston yhteyksiin, sekä mikrobiomien datatieteen menetelmäkehitykseen. Olen saanut rahoitusta tutkimukseeni mm. Suomen Akatemialta, sekä Kulttuurirahastolta.

Opetus

Olen aikaisemmin toiminut apuopettajana useilla laboratorio- ja luentokursseilla Helsingin yliopistossa ja Ottawan yliopistossa (Kanada). Turun yliopistolla opetin Machine Learning and Algorithmics (TKO_3121) kurssia vuosina 2021-2024.

Opetan tällä hetkellä kursseilla Solu ja Biomolekyylit -teoria (BKEM5030), Elintarvikelainsäädäntö ja elintarvikevalvonta (ETEK0003), sekä Mikrobiologia (BKEM5013).

Olen ohjannut 3 kandidaatintyötä, 3 gradutyötä, ja toimin kahden väitöskirjatutkijan toisena ohjaajana.

Minulla on dosenttisopimus Helsingin yliopistossa, ja olen suorittanut opettajan pedagogiset opinnot (60op) yliopistopedagogiikassa.

Julkaisut

Järjestä:

Multi-omics time-series analysis in microbiome research: a systematic review (2025)

Briefings in Bioinformatics
Sherwani, Moiz Khan; Ruuskanen, Matti O.; Feldner-Busztin, Dylan; Nisantzis Firbas, Panos; Boza, Gergely; Móréh, Ágnes; Borman, Tuomas; Putu Erawijantari, Pande; Scheuring, István; Gopalakrishnan, Shyam; Lahti, Leo
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Integration of polygenic and gut metagenomic risk prediction for common diseases (2024)

Nature Aging
Liu Yang, Ritchie Scott C., Teo Shu Mei, Ruuskanen Matti O., Kambur Oleg, Zhu Qiyun, Sanders Jon, Vázquez-Baeza Yoshiki, Verspoor Karin, Jousilahti Pekka, Lahti Leo, Niiranen Teemu, Salomaa Veikko, Havulinna Aki S., Knight Rob, Méric Guillaume, Inouye Michael
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Early prediction of incident liver disease using conventional risk factors and gut-microbiome-augmented gradient boosting (2022)

Cell Metabolism
Liu Yang, Méric Guillaume, Havulinna Aki S, Teo Shu Mei, Åberg Fredrik, Ruuskanen Matti, Sanders Jon, Zhu Qiyun, Tripathi Anupriya, Verspoor Karin, Cheng Susan, Jain Mohit, Jousilahti Pekka, Vázquez-Baeza Yoshiki, Loomba Rohit, Lahti Leo, Niiranen Teemu, Salomaa Veikko, Knight Rob, Inouye Michael
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
Henkilöhaku