Väitös (lääketieteellinen mikrobiologia): yAMK Heidi Isokääntä
Bioanalyytikko (yAMK) Heidi Isokääntä esittää väitöskirjansa ”Utilization of next generation sequencing and metabolomics in human microbiome studies: Optimized laboratory methods and exploratory findings on gut microbiome and metabolome development in early life/ Uuden sukupolven omiikka-menetelmien hyödyntäminen kliinisessä mikrobistotutkimuksessa: optimoidut laboratoriomenetelmät ja kartoittavat löydökset suolistomikrobiston ja -metabolomin kehityksestä varhaislapsuudessa” julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa perjantaina 26.9.2025 klo 12.00 (Turun yliopisto, Medisiina C, Osmo Järvi -sali, Kiinamyllynkatu 10, Turku).
Yleisön on mahdollista osallistua väitökseen myös etäyhteyden kautta: https://echo360.org.uk/section/05f6b5af-7db3-48b4-a6b3-25449e88940e/public (kopioi linkki selaimeen).
Vastaväittäjänä toimii dosentti Mikael Niku (Helsingin yliopisto) ja kustoksena dosentti Alex Dickens (Turun yliopisto). Tilaisuus on suomenkielinen. Väitöksen alana on lääketieteellinen mikrobiologia.
Väitöskirja yliopiston julkaisuarkistossa: https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-02-0290-3 (kopioi linkki selaimeen).
***
Tiivistelmä väitöstutkimuksesta:
Ihmisen mikrobistosta, muun muassa bakteereista koostuvasta eliöyhteisöstä, suurin osa sijaitsee suolistossa ja sillä on keskeinen merkitys terveyden ylläpidossa ja monien sairauksien synnyssä. Suolistomikrobisto on monimuotoinen ja vaihtelee paljon ihmisten välillä. Siksi sen tutkiminen vaatii runsaasti näytteitä, jotta eroja terveiden ja sairastuneiden välillä voidaan arvioida luotettavasti. Viime vuosina väestötason näytekeräykset ja korkean suorituskyvyn analyysitekniikat ovat vieneet alaa eteenpäin, mutta yhtenäisiä vakiintuneita näytekeräys- ja analysointikäytäntöjä ei kuitenkaan ole vielä saatavilla. Mikrobiston ja terveyden välisiä yhteyksiä on tutkittu laajasti, mutta tietoa mikrobiston ja sen aineenvaihduntatuotteiden eli metaboliittien kehityksestä varhaislapsuudessa on vielä rajallisesti. Kehityksen alkuvaiheet luovat perustan tasapainoiselle mikrobistolle, joka tuottaa kasvun ja kehityksen kannalta tärkeitä yhdisteitä. Äidinmaidolla on tässä erityinen rooli: se ruokkii hyödyllisiä bakteereja, tukee lapsen vastustuskyvyn ohjelmoitumista ja auttaa torjumaan taudinaiheuttajia.
Väitöskirjassani kehitettiin tehokkaat toiminnalliset protokollat DNA-eristykseen ja ulostenäytekeräykseen mikrobisto- ja metabolomitutkimuksia varten. Lisäksi kartoitettiin varhaislapsuuden kehityksellisiä reittejä suolistomikrobistossa ja -metabolomissa yhdessä äidinmaidon metaboliittien kanssa.
Kehitetyt menetelmät mahdollistivat näytteiden sujuvan käsittelyn, vähensivät virhelähteitä ja varmistivat, että myös vaikeasti hajotettavat bakteerit tulivat huomioiduiksi. Testatuissa säilytysliuoksissa näytteet säilyttivät alkuperäisenkaltaisen mikrobi- ja aineenvaihduntaprofiilinsa. Havainnot varhaislapsuuden aineistossa vahvistivat imetyksen keskeisestä roolia lapsen suolistomikrobiston ja sen aineenvaihdunnan kehityksessä. Lisäksi äidinmaidon aineenvaihduntatuotteet olivat yhteydessä sekä ulosteen mikrobeihin että aineenvaihduntatuotteisiin.
Yleisön on mahdollista osallistua väitökseen myös etäyhteyden kautta: https://echo360.org.uk/section/05f6b5af-7db3-48b4-a6b3-25449e88940e/public (kopioi linkki selaimeen).
Vastaväittäjänä toimii dosentti Mikael Niku (Helsingin yliopisto) ja kustoksena dosentti Alex Dickens (Turun yliopisto). Tilaisuus on suomenkielinen. Väitöksen alana on lääketieteellinen mikrobiologia.
Väitöskirja yliopiston julkaisuarkistossa: https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-02-0290-3 (kopioi linkki selaimeen).
***
Tiivistelmä väitöstutkimuksesta:
Ihmisen mikrobistosta, muun muassa bakteereista koostuvasta eliöyhteisöstä, suurin osa sijaitsee suolistossa ja sillä on keskeinen merkitys terveyden ylläpidossa ja monien sairauksien synnyssä. Suolistomikrobisto on monimuotoinen ja vaihtelee paljon ihmisten välillä. Siksi sen tutkiminen vaatii runsaasti näytteitä, jotta eroja terveiden ja sairastuneiden välillä voidaan arvioida luotettavasti. Viime vuosina väestötason näytekeräykset ja korkean suorituskyvyn analyysitekniikat ovat vieneet alaa eteenpäin, mutta yhtenäisiä vakiintuneita näytekeräys- ja analysointikäytäntöjä ei kuitenkaan ole vielä saatavilla. Mikrobiston ja terveyden välisiä yhteyksiä on tutkittu laajasti, mutta tietoa mikrobiston ja sen aineenvaihduntatuotteiden eli metaboliittien kehityksestä varhaislapsuudessa on vielä rajallisesti. Kehityksen alkuvaiheet luovat perustan tasapainoiselle mikrobistolle, joka tuottaa kasvun ja kehityksen kannalta tärkeitä yhdisteitä. Äidinmaidolla on tässä erityinen rooli: se ruokkii hyödyllisiä bakteereja, tukee lapsen vastustuskyvyn ohjelmoitumista ja auttaa torjumaan taudinaiheuttajia.
Väitöskirjassani kehitettiin tehokkaat toiminnalliset protokollat DNA-eristykseen ja ulostenäytekeräykseen mikrobisto- ja metabolomitutkimuksia varten. Lisäksi kartoitettiin varhaislapsuuden kehityksellisiä reittejä suolistomikrobistossa ja -metabolomissa yhdessä äidinmaidon metaboliittien kanssa.
Kehitetyt menetelmät mahdollistivat näytteiden sujuvan käsittelyn, vähensivät virhelähteitä ja varmistivat, että myös vaikeasti hajotettavat bakteerit tulivat huomioiduiksi. Testatuissa säilytysliuoksissa näytteet säilyttivät alkuperäisenkaltaisen mikrobi- ja aineenvaihduntaprofiilinsa. Havainnot varhaislapsuuden aineistossa vahvistivat imetyksen keskeisestä roolia lapsen suolistomikrobiston ja sen aineenvaihdunnan kehityksessä. Lisäksi äidinmaidon aineenvaihduntatuotteet olivat yhteydessä sekä ulosteen mikrobeihin että aineenvaihduntatuotteisiin.
Viestintä