Uusia ohjelmistotyökaluja huipputarkkoihin mikroskooppeihin (Väitös: DI Sami Koho, 4.3.2016, biolääketiede)
STED-mikroskooppi mahdollistaa biologisten näytteiden kuvantamisen lähes yksittäisten molekyylien tarkkuudella. Turun yliopistossa väittelevä Sami Koho kehitti menetelmiä, jotka parantavat mikroskoopin ominaisuuksia.
Turun yliopiston tiedote 25.2.2016
Modernit mikroskooppitekniikat tukeutuvat voimakkaasti ohjelmistotyökaluihin, joiden avulla ohjataan mikroskooppeja, huolehditaan datan varastoinnista, muodostetaan kuvia laskennallisesti kerroskuvausmenetelmin, korjataan kuvissa olevia virheitä ja analysoidaan kuvia numeerisesti.
– Uutta STED-datankeruutekniikkaa ja laskennallisia kerroskuvausmenetelmiä hyväksikäyttäen onnistuin selvästi parantamaan tavallisen 2D-STED-mikroskoopin pitkittäissuuntaista erottelukykyä, Koho kertoo.
Väittelijän kehittämä kerroskuvausmenetelmä mahdollistaa myös STED-kuvantamisen aiempaa suurikokoisemmilla näytteillä.
– Uudet kehittämäni ohjelmistotyökalut puolestaan mahdollistavat STED mikroskoopin korrelatiivisen käytön atomivoimamikroskoopin tai elektronimikroskoopin kanssa, Koho sanoo.
Lisäksi väitöstutkimus esittelee uuden ohjelmistotyökalun, joka pystyy automaattisesti arvioimaan mikroskooppikuvien laatua. Kaikki osana väitöstutkimusta kehitetyt ohjelmistot julkaistaan avoimena lähdekoodina, joten ne ovat koko tiedeyhteisön käytettävissä.
STED-mikroskopiaa kehittäneille tutkijoille myönnettiin vuonna 2014 kemian Nobel-palkinto.
***
Diplomi-insinööri Sami Koho esittää väitöskirjansa Bioimage informatics in STED super-resolution microscopy julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa perjantaina 4.3.2016 klo 12.00 (Turun yliopisto, ICT-talo, Lambda-luentosali, Joukahaisenkatu 3-5, Turku).
Vastaväittäjänä toimii Ph. D. Giuseppe Vicidomini (Italian Institute of Technology) ja kustoksena professori Pekka Hänninen. Tilaisuus on englanninkielinen.
DI Sami Koho on syntynyt vuonna 1981 ja kirjoittanut ylioppilaaksi 2001 Kotkan lyseon lukiossa. Korkeakoulututkintonsa (DI) Koho suoritti Tampereen teknillisessä yliopistossa 2009. Väitöksen alana on biolääketiede.