Evoluutiobiologian sovelluskeskus

Teemme DNA-eristyksiä ja määrityksiä Experimental Evolution-projektille (#EXPEVO). Tässä eliöyhteisöjen ekologista ja evolutiivista dynamiikkaa tutkivassa projektissa hyödynnetään DNA-analyysejä kun halutaan määrittää mikrobiyhteisöjen lajikoostumusta erilaisissa kokeellisissa asetelmissa.

https://www.expevo.org/

Mikrobi-DNA -analyysejä merivedestä kerätyille filtterinäytteille sekä kasviplanktonin sieniloisen DNA:n eristämistä (korkea molekyylipaino) koko genomin sekvensointia varten.

Phytoplankton-Parasite interactions along a salinity gradient

https://uglylab.science/

Monivuotisessa projektissa genotyypitämme mikrosatelliittimarkkereiden avulla merikotkanäytteitä. 

Osallistumme DISRUPT-projektiin selvittämällä linnunpoikasten sukupuolen DNA-pohjaisella menetelmällä. DNA:n avulla saamme määritettyä sukupuolen näytteistä, joista se ei ole muuten mahdollista, kuten esimerkiksi nuorista poikasista tai pesään jääneistä munankuorista. 

DISRUPT: Ducks as models for assessing endocrine DISRUPTing chemicals in the aquatic environment

https://sites.utu.fi/disrupt/

Olemme tehneet DNA-eristyksiä ulostenäytteistä usealle projektille suolistomikrobiomin määritystä varten.

Teimme DNA- ja RNA-eristyksiä sekä patogeenimäärityksiä punkeista CoastNet LIFE -projektille.

https://www.metsa.fi/en/project/coastnet-life/

DNA-analyysien avulla saadaan lisätietoa susien lukumääristä ja liikkeistä kannanarviota varten.

Tuloksia ja lisätietoja täältä:

http://www.suurpedot.fi/suojelu-ja-metsastys/tutkimus/susien-dna-tutkimus.html

Olemme tehneet erilaisia DNA- ja RNA-analyysejä endofyyttiprojektin kohdelajeille, sekä kasveille että niissä eläville endofyyttisienille. 

Aero-DNA pilottiprojektissa eristettiin DNA:ta siitepölynauhoista ja saadun DNA:n avulla tutkitaan ilmassa liikkuvien kasvien lajikirjoa sekvensoimalla näytteistä osa trnL-aluetta. 

eDNA-pohjaisen menetelmän kehittäminen ja testaaminen, jonka avulla voidaan arvioida taimenyksilöiden lukumäärä vesinäytteestä. Vedessä elävistä lajeista irtoaa jatkuvasti pieniä määriä solumateriaalia, ja täten myös DNA:ta, joka voidaan havaita vesinäytteestä. Menetelmässä eristämme vesinäytteestä siinä olevat DNA-molekyylit ja määritämme erityisesti taimen DNA:n määrän qPCR:n avulla.