Munuaissyövän etenemisen ennustamiseksi on kehitetty uusi tietokoneavusteinen menetelmä
Turun yliopiston tutkijat ovat monitieteisessä yhteistyössä kehittäneet uuden laskennallisen menetelmän, jolla voidaan löytää biomarkkereita potilasnäytteistä. Menetelmä havaitsee geneettisiä tekijöitä (RNA ilmentymisiä ja DNA mutaatioita), joilla on vaikutuksia esimerkiksi syöpäpotilaan ennusteen arvioinnissa. Menetelmällä voidaan tehokkaasti analysoida uusimpien genominlaajuisten teknologioiden, kuten RNA-sekvensoinnin, tuloksia.
Munuaissyövän taudinkulku on vaihteleva. Noin puolelle potilaista kehittyy etäpesäkkeitä leikkauksen jälkeen, mutta elinajanodote vaihtelee kuukaudesta yli 15 vuoteen. Nykyiset leikkauksen jälkeiset ennustetekijät perustuvat syövän kliinisiin ominaisuuksiin, mutta eivät ole riittävän tarkkoja ennustamaan hyvin taudin kulkua. Munuaissyövälle ei ole laajasti hyväksyttyjä geneettisiä ennustetekijöitä kuten esimerkiksi rintasyövässä.
Turun yliopistossa matemaatikot, biologit ja syöpälääkärit ovat yhdistäneet voimansa ja käyttäneet kehittämäänsä menetelmää etsiäkseen uusia munuaissyövän ennustetekijöitä. Bioinformaatikot Laura Elo ja Fatemeh Seyednasrollah, syöpätautilääkäri Panu Jaakkola ja geneetikko Krista Rantanen analysoivat 442 munuaissyöpäpotilaan geeni-ilmentymiä kansainvälisestä Cancer Genome Atlas (TCGA) -tietokannasta.
Menetelmä paljasti, että 152 geenin ilmentymä pystyy ennustamaan munuaissyöpää sairastavien potilaiden elinaikaa leikkauksen jälkeen. Tutkimusryhmä validoi menetelmän käyttämällä riippumatonta japanilaista 100 potilaan aineistoa.
– Eri metodien heikko toistettavuus biomarkkeri-analyyseissä on edelleen merkittävä haaste genomitiedon kliinisissä sovelluksissa. Tämä tutkimus on askel toistettavuuden parantamisen suuntaan, sanoo Laura Elo, laskennallisen biolääketieteen ryhmän tutkimusjohtaja Turun Biotekniikan keskuksesta.
– Tutkimus antaa paremmat mahdollisuudet ennustaa munuaissyöpää sairastavien potilaiden taudin kulkua. Tällä on suuri merkitys esimerkiksi sille, millä tavalla ja kuinka usein potilaiden tautia tulisi kontrolloida leikkauksen jälkeen. Työ myös korostaa monitieteisen yhteistyön tärkeyttä, jossa mukana on kliinisen, kokeellisen ja laskennallisen osaamisen asiantuntijoita sanoo Panu Jaakkola, syöpätautien erikoislääkäri TYKSistä.
Tutkimus on juuri ilmestynyt Nucleic Acids Research -lehdessä
LR