Yksikkö perustettiin vuonna 1993 nimellä Volgalaiskielten tutkimusyksikkö. Yksikön toiminta oli kuitenkin alkanut jo perustamista edeltävänä vuotena. Tutkimusyksikön ensimmäinen johtaja vuoteen 1996 asti oli emeritusprofessori Alho Alhoniemi (kuvassa tutkimusmatkalla Mordvassa). 

Alun perin yksikön tutkimusalaan kuuluivat vain mordvalaiskielet ja marin kieli. Toimintakenttä laajentui vähitellen käsittämään myös udmurtin kielen ja Volgan alueen turkkilaiskielet. Myös udmurtin lähisukukieli komi on eräiden projektien kohteena. 

Vuonna 2000 yksikön nimi muutettiin Volgan alueen kielten tutkimusyksiköksi ja tutkijan virka vakinaistettiin. Toinen tutkija saatiin vuonna 2012, kun FL Arto Moision tehtävä siirrettiin Kotimaisten kielten tutkimuskeskuksesta Turun yliopistoon. 

Tutkimusyksikön toimintaa vuosina 1993–2013 on tarkemmin kuvattu Jorma Luutosen artikkelissa "Volgan alueen kielten tutkimusyksikkö 20 vuotta", Sananjalka 55 (2013), s. 233–245.