Yksikkö perustettiin vuonna 1993 nimellä Volgalaiskielten tutkimusyksikkö. Yksikön toiminta oli kuitenkin alkanut jo perustamista edeltävänä vuotena. Tutkimusyksikön ensimmäinen johtaja vuoteen 1996 asti oli emeritusprofessori Alho Alhoniemi (kuvassa tutkimusmatkalla Mordvassa). Vuosina 1996–2022 yksikköä johti emeritaprofessori Sirkka Saarinen.

Alun perin yksikön tutkimusalaan kuuluivat vain mordvalaiskielet ja marin kieli. Toimintakenttä laajentui vähitellen käsittämään myös udmurtin kielen ja Volgan alueen turkkilaiskielet. Myös udmurtin lähisukukieli komi on ollut eräiden projektien kohteena. 

Vuonna 2000 yksikön nimi muutettiin Volgan alueen kielten tutkimusyksiköksi ja tutkijan virka vakinaistettiin; tämä FT Jorma Luutosen pitkään hoitama virka on myöhemmin muutettu suomalais-ugrilaisen kielentutkimuksen yliopistonlehtorin tehtäväksi. Toinen ja tällä hetkellä yksikön ainoa vakinainen tutkija saatiin vuonna 2012, kun FL Arto Moision tehtävä siirrettiin Kotimaisten kielten tutkimuskeskuksesta Turun yliopistoon.

Tutkimusyksikön toimintaa vuosina 1993–2013 on tarkemmin kuvattu Jorma Luutosen kirjoituksessa "Volgan alueen kielten tutkimusyksikkö 20 vuotta", Sananjalka 55 (2013), s. 233–245. 

Venäjän hyökkäyssota Ukrainaan on vaikeuttanut suoria yhteyksiä Volgan–Kaman alueen vähemmistökansoihin, joiden kielten ja kulttuurien tuntemus on toisaalta yhä tärkeämpi osa monietnisen Venäjän ja sen historian ymmärtämistä.