Väitös (kemia): FM Ilari Kuukkanen
FM Ilari Kuukkanen esittää väitöskirjansa ”Enhancing lyme neuroborreliosis diagnostics with uhplc–ms/ms-based metabolomics and machine learning” julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa keskiviikkona 20.5.2026 klo 12.00 (Turun yliopisto, päärakennus, Tauno Nurmela -sali, Turku).
Vastaväittäjänä toimii apulaisprofessori Marko Lehtonen (Itä-Suomen yliopisto) ja kustoksena dosentti Maarit Karonen (Turun yliopisto). Tilaisuus on suomenkielinen. Väitöksen alana on kemia.
Tiivistelmä väitöstutkimuksesta:
FM Ilari Kuukkasen väitöstutkimuksessa kehitettiin seerumi- ja aivo-selkäydinnestenäytteiden analysointiin perustuva menetelmällinen kokonaisuus, jonka avulla tunnistettiin Lymen neuroborrelioosiin liittyviä aineenvaihdunnallisia muutoksia sekä mahdollisia biomarkkeriehdokkaita. Tutkimuksessa yhdistettiin massaspektrometria perusteista metabolomiikkaa ja koneoppimista, tavoitteena löytää uusia keinoja taudin diagnostiikan tueksi.
Lymen neuroborrelioosi on Borrelia burgdorferi sensu lato -ryhmän bakteerien aiheuttama Lymen borrelioosin hermostoon vaikuttava ilmenemismuoto, jonka tunnistaminen voi kliinisessä työssä olla haastavaa. Väitöstutkimuksessa analysoitiin potilailta kerättyjä seerumi- ja aivo-selkäydinnestenäytteitä ennen lääkehoitoa ja hoidon jälkeen, mikä mahdollisti sairauteen liittyvien muutosten aiempaa luotettavamman arvioinnin. Lisäksi potilaiden näytteitä verrattiin kontrolliryhmiin ja osin myös muihin tunnettuihin keskushermostoinfektioihin, jotta havaittujen muutosten yhteyttä juuri neuroborrelioosiin voitiin arvioida.
Tutkimuksessa havaittiin, että aineenvaihdunnan muutokset liittyvät erityisesti tryptofaani-aineenvaihduntaan, lipidivälitteiseen signalointiin ja muuhun aminohappoaineen-vaihduntaan. Osa aivo-selkäydinnesteessä tunnistetuista löydöksistä oli yhteydessä neuroinflammaatiota kuvaavaan CXCL13-merkkiaineeseen, mikä tukee niiden mahdollista yhteyttä neuroborrelioosiin.
Koneoppimiseen perustuvat luokittelumallit kykenivät erottamaan neuroborrelioosiin liittyviä biomarkkeriprofiileja hyvällä tarkkuudella. Tulokset osoittavat, että tutkimuksessa tunnistetuilla biomarkkeriehdokkailla ja -paneeleilla on potentiaalia täydentää nykyisiä diagnostisia menetelmiä, sekä tukea hoidon seurannan kehittämistä. Väitöstutkimus tuo uutta tietoa Lymen neuroborrelioosiin liittyvistä aineenvaihdunnallisista muutoksista ja muodostaa tärkeän perustan menetelmien jatkokehitykselle kohti tulevaa kliinistä hyödyntämistä.
